SMP Kristen Petra 4 berdiri sejak Juli 1985, di Jalan Monginsidi No. 100, Sidoarjo. Sekolah ini berdiri berdampingan dalam satu kompleks dengan TK Kristen Petra 12 dan SD Kristen Petra 12. Dan sejak tahun 1988, berdiri pula SMA Kristen Petra 4 di tempat ini. Kompleks ini merupakan satu-satunya kompleks di bawah lingkungan PPPK Petra yang terdiri atas TK, SD, SMP, dan SMA.

Pada tahun 1985, SMP Kristen Petra 4 dipimpin oleh seorang Drs. Rusdiarsa. Beliau menjabat Kepala Sekolah SMP Kristen Petra 4 hingga tahun 1988. Dalam tahun-tahun awal berdirinya, SMP Kristen Petra 4 mengalami banyak tantangan dan hambatan. Dengan pertolongan Tuhan, semuanya bisa dilewati dengan baik. Pelan namun pasti, sekolah ini mulai dikenal oleh masyarakat. Dengan kerja sama yang baik antara peserta didik, guru, pengurus, dan orang tua, akhirnya keberhasilan demi keberhasilan telah dicapai oleh SMP Kristen Petra 4.

Drs. Rusdiarsa
(1985—1988)

Drs. Herman Kosasih
(1988—2004)

Drs. Djoko Eko Suhartono, M.Pd.
(2004—2022)

Lina Retnowati, S.Pd., M.M.
(2022—sekarang)